站在与褚少孙对立的立场上，东汉思想家王充客观地指出了黄帝始祖之说的自相矛盾：
《三代世表》言五帝三王皆黄帝子孙，自黄帝转相生，不更秉气于天。作殷本纪，言契母简狄浴于川，遇玄鸟坠卵，吞之，遂生契焉。及周本纪，言后稷之母姜嫄野出，见大人迹，履之则妊身，生后稷焉。夫观世表，则契与后稷黄帝之子孙也。读殷周本纪，则玄鸟大人之精气也。二者不可两传，而太史公兼纪不别。案：帝王之妃，不宜野出，浴于川水。今言浴于川，吞玄鸟之卵；出于野，履大人之迹。违尊贵之节，误是非之言也。[84]
王充认为造成“误是非之言”的原因是司马迁“兼纪不别”，这是合乎逻辑的。至于他批评“浴于川”和“出于野”为“违尊贵之节”，则是以后世礼仪看待上古风俗，就难免失于偏颇了。
继《史记》之后的正史为《汉书》，它是经由东汉的班彪、班固、班昭和马续四人之手合作完成的。《汉书》的作者对于司马迁追溯祖宗的做法不仅不反对，而且还具体运用于为汉家天子寻根上，这是司马迁当初没有做过的。《汉书》卷1下《高帝纪下》文末有“赞曰”：
《春秋》晋史蔡墨有言，陶唐氏既衰，其后有刘累，学扰龙，事孔甲，范氏其后也。……范氏为晋士师，鲁文公世奔秦。后归于晋，其处者为刘氏。刘向云战国时刘氏自秦获于魏。秦灭魏，迁大梁，都于丰。……是以颂高祖云：“汉帝本系，出自唐帝。降及于周，在秦作刘。涉魏而东，遂为丰公。”丰公，盖太上皇父。其迁日浅，坟墓在丰鲜焉。……由是推之，汉承尧运，德祚已盛……自然之应，得天统矣。[85]