丹杨尹刘隗经常为桓温的才干感到惊奇，但知道他有不甘为臣的志向，刘隗对会稽王司马昱说：“桓温不能让他占据地形便利的地方，对他的地位、封号也应当经常贬抑。”劝司马昱自己镇守长江上游，让自己任军司，司马昱不听。刘隗又请求自己前往，也不获准许。
庚辰（疑误），朝廷任命徐州刺史桓温为安西将军、持节，都督荆州、司州、雍州、益州、梁州、宁州诸军事，领护南蛮校尉、荆州刺史，庾爰之果然不敢与他争位；随后又任命刘隗监察沔中诸军事，兼领义成太守，替代庾方之，把庾方之、庾爰之迁徙到豫章。
会稽王司马昱畏惧桓温势盛，荐举另一世家殷浩，殷浩被任命为建武将军、扬州刺史，都督扬豫徐兖青五州诸军事，与桓温抗衡。桓温不愿意有人与之相抗衡，便多次上书请求北伐，以期通过北伐攫取更大的政治军事权力。殷浩和穆宗深知桓温的用意，不批准桓温的上书。然而，桓温声言北伐，光复故土，名正言顺，如果没有一定的举动，其理必在桓温，何况桓温在武昌拥众四五万人，北可进击中原，南可攻打建邺（京城）。为了搪塞，晋穆帝派褚裒、殷浩两次北伐，结果都损兵折将，惨遭失败。这就给桓温以把柄，使桓温得以“因朝野之怨，乃奏废（殷）浩，自此内外大权一归温矣”。而后，桓温三次北伐，有一些建树，权力日益膨胀，身为都督中外诸军事、假黄钺，总督内外大权。桓温“既负其才力，久怀异志，欲先立功河朔，还受九锡”，最终为攫取皇权，乃废掉晋帝司马奕为海西公，拥立简文帝司马昱，以便独揽大权。